فیثاغورس در جزیرهٔ ساموس، نزدیک کرانه‌های ایونی، زاده شد. او در عهد قبل از ارشمیدس، زنون و اودوکس (۵۶۹ تا ۵۰۰) پیش از میلاد می‌زیست.
او در جوانی به سفرهای زیادی رفت و این امکان را پیدا کرد تا با افکار مصریان باستان، بابلیان و مغان ایرانی آشنا شود. او روی هم رفته، ۲۲ سال در سرزمینهای خارج از یونان بود و چون از سوی پولوکراتوس، شاه یونان، به آمازیس، فرعون مصر سفارش شده بود، توانست به سادگی به رازهایکاهنان مصری دست یابد. او مدتها در این کشور به سر برد و در خدمت کاهنان و روحانیان مصری به شاگردی پرداخت و آگاهی‌های بسیار کسب کرد. سپس از آنجا روانه بابل شد و شاگردی را از نو آغاز کرد. او در بابل به حالت اسارت زندگی می‌کرد تا اینکه به همراه داریوش دوم به فارس آمد و از تخت جمشید که در حال ساخت بود دیدن کرد.
وقتی او در حدود سال ۵۳۰ قبل از میلاد، از مصر بازگشت، در زادگاه خود مکتب اخوتی (که امروزه برچسب مکتب فیثاغورس بر آن خورده‌است) را بنیان گذاشت که طرز فکر اشراقی داشت. هدف او از بنیان نهادن این مکتب این بود که بتواند مطالب عالی ریاضیات و مطالبی را تحت عنوان نظریه‌های فیزیکی و اخلاقی تدریس کند و پیشرفت دهد.
شیوهٔ تفکر این مکتب با سنت قدیمی دموکراسی، که در آن زمان بر ساموس حاکم بود، متضاد بود؛ و چون این مشرب فلسفی با مذاق مردم ساموس خوش نیامد، فیثاغورس به ناچار، زادگاهش را ترک گفت و به سمت شبه جزیره آپتین (از سرزمینهای وابسته به یونان) رفت و در کراتون مقیم شد.
گفته میشود که او با یک زن فلسفه دان به اسم "تیانو" که ازطرفدارانش بود ازدواج میکند. آنها صاحب ۱ پسر به اسم "تلاگوس" ، و ۳ دختر به اسم " دامو "، "اریگ نته" ، و"ماییا" میشوند. او اولین کسی بود که کشف کرد موسیقی میتواند با زبان ریاضی بیان شود، و برای اولین بر موسیقی نوشته شد . گفته شده (ثابت نشده ) که او در کوچه راه میرفته و صدای آهنگر را میشنود که با چکش کار میکرده. او به انجا میرود و مشاهده میکند که هر چکش یک صدای خاص و یکنواخت خود رادارد. او فرمول صدای انها را به ریاضی پیدا کرده و مینویسد. این داستان بعد ها تزکیب میشود به خاطره اینکه فرمول نوشته او برای سازهای سیمی بوده نه چکشی،اما این نشان میدهد که او بیان کردن و نوشتن موسیقی را با ریاضی کشف کرده بود.
پروکلوس درباره فیثاغورث می‌گوید:
فیثاغورس این علم (علم ریاضیات) را به شکل آزاد آموزشی، امتحان کردن قواعد آن از آغاز و جستجوی قضایا به روشی غیر مادی و ذهنی تغییر داد. او نظریه متناسب‌ها و ساخت اشکال کیهانی را کشف کرد.
همچنین برتراند راسل دربارهٔ فیثاغورس مینویسد:
هیچ‌کس را نمی‌شناسم که در عالم اندیشه به اندازهٔ فیثاغورس تاثیرگذار بوده باشد.